Avec la Congrégation, on peut dire que Chaminade avait en mains un nouveau moyen de réaliser son grand rêve: rechristianiser la France. Au lieu d’une école pour enfants, son rêve se transposa dans la construction d’une communauté chrétienne capable de refléter l’Église tout entière.

D’abord centrée sur les jeunes, filles et garçons, en vue de l’avenir de l’Église, son attention se porta bien vite aussi sur les adultes, sur les hommes et les femmes mariés, sur les prêtres et sur les personnes qui avaient quitté la vie religieuse.

Le 8 décembre 1800, à peine un mois après son retour d’Espagne, il accueillit un groupe de jeunes gens décidés à se consacrer à la rechristianisation de la France sous la conduite et l’inspiration de Marie, la Mère de la jeunesse. Le 2 février 1801, le groupe des jeunes gens pouvait sérieusement se former, avec douze membres. Le 2 février de l’année suivante, ils étaient cent membres. Le 25 mars 1801, sous la direction de Marie-Thérèse de Lamourous, fut fondée la section des jeunes filles. Trois autres sections ne devaient pas tarder. Confirmé dans son œuvres par un décret papal le nommant Missionnaire apostolique pour toute la France, Chaminade continua à faire grandir la Congrégation. L’oratoire qu’il occujpait se révéla rapidement être trop étroit.

Le vicaire général du nouvel archevêque de Bordeaux, Mgr d’Aviau, fit à ce dernier un rapport des plus élogieux sur Guillaume-Joseph qui l’impressionna. Il avait connu le P. Chaminade au moment des persécutions. En 1804, l’archevêque mit donc la chapelle de la Madeleine à sa disposition; elle devint ainsi une chapelle auxiliaire pour les fidèles des paroisses voisines et le siège de sa Congrégation. En 1809 l’ensemble des branches de la Congrégation représentait environ 1000 chrétiens convaincus et engagés. Une fois encore, le père Chamiande pouvait envisager uin avenir prospère pour son œuvre.